药学部是苏州市第九人民医院最大的科室之一，负责全院的药品质量和供应、药物不良反应监测、参与临床合理用药与接受药物咨询、新药介绍、静脉药物调配及临床药学等工作。
        药学部拥有一支60多人的技术力量雄厚的药学专业队伍，其中主任中药师3名，副主任（中）药师8名，主管中、西药师37名，中、西药师16名，研究生11人。全科下设9个部门，包括门诊西药房、门诊中药房、急诊药房、感染科药房、住院药房、静配中心、西药库、临床药学室、大药房。各部门人员结构较合理，设备较精良。同时科室成立质量控制小组，由各部门负责人组成，负责全科的药品质量管理。2009年和2011年评为吴江区卫生系统“满意窗口”；2010年分别被评为吴江区“青年文明号”； 2009和2010年评为苏州市卫计委的“文明示范窗口”。2011年评为苏州市“A级示范药房”、2017年再次通过评审。2011年评为“江苏省三级医院规范药房”。
        2003年5月，我院为方便群众购药，开设了大药房。大药房是医保定点药店，作为一个独立机构，共配备执业药师3位，药师2位。2004年6月通过零售药店的GSP认证，2005年授予吴江区“示范药店”称号。
        药学部的工作之重即为药品管理，要求严格按照《中华人民共和国药品管理法》，加强药品质量管理，在保障药品质量的基础上，力争满足临床安全、合理、经济、有效的用药。我院药品采购严格遵守江苏省药品集中采购管理规定执行网上招标采购，全部药品都从江苏省药品集中采购中心所确认的GSP达标公司采购。
      各中、西药房均由资深的主管药师负责管理和质量把关，设置“药物咨询室”，尽力为患者提供用药咨询服务。科室实施“以病人为中心”的药学服务模式，开展临床药学服务工作，临床药师深入临床、参与查房、书写药历，点评处方，用药学专业知识和临床医生共同探讨合理用药问题。药剂科还开展药品不良反应监测、收集药学信息和药物情报资料，每两年编写本院的《临床基本用药手册》和《处方集》，定期出版《药事通讯》，及时与临床医生进行沟通和交流，以此保证病人用药更合理、更安全、更经济。